Χωρίς επέμβαση από το ανθρώπινο χέρι, ακόμα και το καλύτερο μπονσάι θα χάσει τη φόρμα του και τις αναλογίες του. Τα πιο χοντρά κλαδιά του θα μεγαλώσουν και θα αναπτυχθούν περισσότερο, τα πιο λεπτά θα ξεραθούν.
  Όπως σε όλα τα δένδρα, το σημείο μεγαλύτερης ανάπτυξης βρίσκεται στην άκρη του κάθε κλαδιού. Και επιπλέον, όσο πιο χαμηλά βρίσκονται τα κλαδιά στο κορμό, τόσο λιγότερο αναπτύσσονται. Κλαδιά που μεγαλώνουν με διαφορετική  δύναμη βλάπτουν την γενική εικόνα του Μπονσάι. Γι' αυτό το λόγο, σε κλαδιά που μεγαλώνουν γρήγορα, κόβουμε εγκαίρως τους νέους βλαστούς που βγαίνουν στην κορυφή τους ή τους δίνουμε κλίση προς τα κάτω. Είναι και αυτός ένας τρόπος για να περιοριστεί η ανάπτυξή τους.  Ουσιαστικά, αυτό που πρέπει να κάνει κανείς σε ένα Μπονσάι, είναι να δημιουργήσει την επιθυμητή φόρμα
και να το διατηρήσει σε αυτήν. 

Γι' αυτό και έχει μεγάλη σημασία η επιλογή της σωστής γλάστρας, 
η σωστή σύνθεση και ποσότητα του χώματος καθώς επίσης 
το σχήμα και το μέγεθος του Μπονσάι που θέλουμε να δημιουργήσουμε. 
Πρέπει να διατηρήσουμε τα επιθυμητά κλαδιά και να κόψουμε αυτά που δεν θέλουμε.
 Επίσης, να κόψουμε εγκαίρως τους νέους βλαστούς που βγαίνουν σε ανεπιθύμητα σημεία και να συρματώσουμε τα κλαδιά, δίνοντάς τους τη σωστή κατεύθυνση, 
φροντίζοντας παράλληλα να έχουν όλα αρκετό φως και αέρα.    

Κορφολόγημα των νέων βλαστών

  Το κορφολόγημα και το κόψιμο των νέων βλαστών, είναι μια από τις σημαντικότερες εργασίες για την διατήρηση της φόρμας ενός μπονσάι. 
Αυτή η εργασία όμως δεν γίνεται μόνο για την διατήρηση του μεγέθους και της φόρμας του φυτού, βοηθάει συγχρόνως στη μεταφορά της δύναμης ανάπτυξης από την κορυφή (που είναι η φυσική τάση), στα χαμηλότερα κλαδιά. Με αυτό τον τρόπο τα χαμηλότερα κλαδιά αναπτύσσονται ταχύτερα και ο ρυθμός ανάπτυξης μοιράζεται σε όλα τα σημεία του φυτού. Όσο πιο συχνά γίνεται το κόψιμο των βλαστών τόσο πιο συμπαγές 
και πυκνό φύλλωμα αναπτύσσει το φυτό. 
Το πόσο συχνά πρέπει αυτό να γίνεται, εξαρτάται από το είδος του φυτού. 
Τα φυλλοβόλα που αναπτύσσουν βλαστούς σε ολόκληρη την περίοδο ανάπτυξης (από Άνοιξη μέχρι Φθινόπωρο), χρειάζονται κορφολόγημα σε όλη αυτή την περίοδο, ενώ τα διάφορα είδη πεύκου, χρειάζονται μόνο μία φορά τον χρόνο. 
Η καλύτερη εποχή γι' αυτό, είναι η περίοδος από τέλος Μαρτίου μέχρι αρχές Απριλίου, τότε που οι νέοι βλαστοί είναι ακόμα τρυφεροί.