Πρόκειται για ειδικά φίλτρα που κάνουν μηχανικό καθαρισμό του νερού. Έχουν την δυνατότητα να κατακρατούν και τα πιο μικρά σωματίδια, καθώς και αιωρούμενες άλγες, αλλά και βακτηρίδια που βρίσκονται ελεύθερα στο νερό.

Τα φίλτρα αυτά λειτουργούν με την χρήση διατομικής γης, ένα λεπτό στρώμα της οποίας έχει την ικανότητα να κατακρατεί σωματίδια μεγέθους 1/1000 mm. Η διατομική γη πωλείται σε μορφή σκόνης και πρέπει να την αντικαθιστούμε μετά από κάθε χρήση. Κάθε εταιρεία που κατασκευάζει διατομικά φίλτρα διαθέτει και την διατομική γη για το συγκεκριμένο φίλτρο. Υπάρχουν φίλτρα διατομικής γης μεγάλου μεγέθους που είναι κατάλληλα για πισίνες και για αυτά υπάρχει διατομική γη σε συσκευασία 30 κιλών.

Η λειτουργία του φίλτρου αυτού είναι απλή: Φανταστείτε ένα φίλτρο με δυο διαμερίσματα τα οποία χωρίζει ένα ειδικό ύφασμα. Το νερό εισέρχεται στο ένα διαμέρισμα, περνά μέσα από το ύφασμα καταλήγει στο δεύτερο διαμέρισμα και από εκεί επιστρέφει στο ενυδρείο. Την διατομική γη την βάζουμε στο πρώτο διαμέρισμα. Το νερό με την ροή του την σπρώχνει πάνω στο ύφασμα και εκεί σχηματίζει ένα λεπτό στρώμα. Το νερό είναι υποχρεωμένο να περάσει μέσα από το στρώμα της διατομικής γης για να βρεθεί στο δεύτερο διαμέρισμα. Πολύ σύντομα βλέπουμε ότι η λευκή σκόνη αλλάζει χρώμα από τα σωματίδια που κρατάει και γίνεται καφέ ή πράσινη, ανάλογα με το αν το νερό έχει άλγη ή άλλους ρύπους. Σε διατομικά φίλτρα νέας τεχνολογίας το ύφασμα έχει αντικατασταθεί από άλλα ειδικά υλικά, αλλά η βασική αρχή λειτουργίας είναι η ίδια.

Δεν είναι φίλτρο που βάζουμε μόνιμα σε λειτουργία, αλλά για μερικές μόνο ώρες μέχρι να διαπιστώσουμε ότι το νερό είναι τελείως διαυγές. Το θόλωμα του νερού πολλές φορές προέρχεται από βακτηρίδια όταν υπάρχουν στο νερό διαλυμένα πολλά θρεπτικά συστατικά. Επίσης είναι πιθανό το θόλωμα να προέρχεται από αιωρούμενη άλγη η οποία επίσης "τρέφεται" από αυτά τα θρεπτικά. Μαζί με την άλγη έμμεσα απομακρύνονται και θρεπτικά συστατικά τα οποία δεσμεύουν οι άλγες αυτές. Είναι γνωστό ότι αν βάλουμε ένα ενυδρείο σε σημείο που το βλέπει ο ήλιος έστω και για λίγο, το έντονο φως κάνει το νερό να πρασινίζει από άλγη.

Δεν είναι από τα φίλτρα που θεωρούνται σαν απαραίτητος εξοπλισμός για έναν χομπίστα, αλλά είναι ένα μέσον για να αποφεύγουμε ασθένειες που προέρχονται από βακτηριδιακές ή παρασιτικές μολύνσεις αφού μπορεί και απομακρύνει παράσιτα και βακτηρίδια αλλά και τους σπόρους τους και έτσι το νερό είναι σε μεγάλο βαθμό απαλλαγμένο από αυτά. Επίσης προφυλάσσουμε τα αυγά των ψαριών από Fungus.

Το θετικό με αυτά τα φίλτρα είναι ότι δεν επηρεάζουν καθόλου την χημεία του νερού καθώς και την πανίδα των χρήσιμων βακτηριδίων που βρίσκονται στα υλικά του φίλτρου, αλλά και πάνω σε όλα τα αντικείμενα του ενυδρείου. Το μόνο πρόβλημα τους είναι ότι δεν έχουν μεγάλη διάρκεια και άρα πρέπει συχνά να το καθαρίζουμε και επίσης η διαδικασία του καθαρισμού τους δεν είναι καθόλου απλή.