Μια παραλλαγή αυτών των φίλτρων είναι και τα φίλτρα που γίνονται μέσα στο ενυδρείο, στην μια άκρη του ή και στις δυο, όταν πρόκειται για ένα πραγματικά μεγάλο ενυδρείο. Αυτά τα φίλτρα καταλαμβάνουν βέβαια ένα μέρος του χώρου που θα ήταν διαθέσιμος για τα ψάρια, αλλά έχουν το θετικό ότι δεν γίνεται καμία κυκλοφορία του νερού έξω από το ενυδρείο. Είναι ουσιαστικά ένα παραλληλεπίπεδο από κρύσταλλο ή πλαστικό στο ύψος του ενυδρείου, χωρισμένο σε 3 - 4 διαμερίσματα με κάθετα χωρίσματα. Το πρώτο διαμέρισμα έχει τον θερμοστάτη και είναι ο χώρος εισόδου του νερού. Στο τελευταίο μπαίνει ο κυκλοφορητής που στέλνει το νερό πίσω στο ενυδρείο, και τα υπόλοιπα διαμερίσματα περιέχουν τα υλικά φιλτραρίσματος. Σε αυτό τον τύπο φίλτρων πολλοί χομπίστες χρησιμοποιούν κομμάτια από κατάλληλο σφουγγάρι, παράλληλα τοποθετημένα το ένα στο άλλο. Αυτά τα σφουγγάρια είναι ιδανικά για να δημιουργούνται αποικίες βακτηριδίων που φιλτράρουν το νερό. Ένα τέτοιου τύπου φίλτρο είναι και αυτό που υπάρχει στο 1ο ενυδρείο μας. Σε τακτά χρονικά διαστήματα βγάζουμε το πρώτο σφουγγάρι που είναι και το πιο λερωμένο και αφού το πλύνουμε το βάζουμε τελευταίο, ενώ τα υπόλοιπα παραμένουν για να συνεχίζουν το φιλτράρισμα, αφού μεταφερθούν μια θέση μπροστά. Με αυτό τον τρόπο το μεγαλύτερο μέρος των βακτηριδίων παραμένει ανεπηρέαστο. 

2. Κλειστά συστήματα φιλτραρίσματος εννοούμε τα εσωτερικά και εξωτερικά φίλτρα με ηλεκτρική αντλία. Για ενυδρεία με κανονική ποσότητα ψαριών και πολλά φυτά, αυτά τα φίλτρα είναι ιδανικά. Ασφαλώς δεν μπορούν να συγκριθούν με τα φίλτρα ανοιχτού τύπου στην απόδοση του βιολογικού καθαρισμού του νερού. Ο λόγος είναι τα βακτηρίδια που είναι υπεύθυνα για τον βιολογικό καθαρισμό του νερού. Αυτά τα βακτηρίδια χρειάζονται πολύ οξυγόνο, που δεν το βρίσκουν σε αρκετές ποσότητες μέσα στο κλειστό σύστημα του φίλτρου. Αυτό βέβαια είναι πολύ θετικό για τα φυτά, αφού η μικρή κίνηση της επιφάνειας του νερού αφήνει περιθώρια στο CO2 να παραμένει διαλυμένο στο νερό για περισσότερο χρόνο και έτσι να είναι διαθέσιμο για τα φυτά. Μια καλή ανάπτυξη, αρκετών φυτών, εξασφαλίζει αρκετή ποσότητα οξυγόνου για τα ψάρια. Έτσι δεν είναι απαραίτητη η επιπλέον τροφοδοσία του ενυδρείου με οξυγόνο από μια αεραντλία. Για ενυδρεία έως 400 λίτρα τα εσωτερικά φίλτρα είναι ικανοποιητικά (με την προϋπόθεση ότι έχουν την κατάλληλη ισχύ για τα λίτρα του ενυδρείου) και καθαρίζονται εύκολα και γρήγορα.