Στα ενυδρεία μας συγκεντρώνονται από τα απόβλητα των ψαριών και των φυτών βλαβερές ουσίες. Μια λίμνη με αρκετά μεγάλο μέγεθος διαθέτει μια ικανότητα αυτοκαθαρισμού που διαλύει και επεξεργάζεται αυτές τις ουσίες με μια διαδικασία φυσικής ανακύκλωσης. Η χωρητικότητα όμως ακόμα και πολύ μεγάλων ενυδρείων δεν είναι αρκετή ώστε να δημιουργηθεί μέσα σε αυτά, αυτή η διαδικασία ανακύκλωσης και επιπλέον, ο μεγάλος αριθμός ψαριών που μπαίνουν συνήθως σε ένα ενυδρείο επιβαρύνει ακόμα περισσότερο την κατάσταση. Σαν συνέπεια  αυτού είμαστε υποχρεωμένοι να ενισχύσουμε το ενυδρείο με ένα ικανοποιητικό φιλτράρισμα.
Το ιδανικό φιλτράρισμα για ένα ενυδρείο πρέπει να καλύπτει πολλές παραμέτρους. Σπάνια ένα μόνο φίλτρο μπορεί να τις καλύψει όλες. 
Τι πρέπει να καταφέρνει ένα καλό φίλτρο; 
Η απάντηση είναι τόσο πολύπλοκη, όσο πολύπλοκη είναι και η διαδικασία που γίνεται μέσα στο ίδιο το φίλτρο.


ΜΗΧΑΝΙΚΟ ΦΙΛΤΡΑΡΙΣΜΑ
Ένα ποσοστό από τους παράγοντες που θολώνουν το νερό του ενυδρείου αποτελείται από αιωρούμενα σωματίδια τα οποία απομακρύνει ένα μηχανικό φίλτρο. Αυτά τα σωματίδια προέρχονται από τα περιττώματα των ψαριών, υπολείμματα τροφής, και από τυχόν χαλασμένα φύλλα από τα φυτά που έχουμε στο ενυδρείο μας. Το μηχανικό φίλτρο πρέπει να καθαρίζεται συχνά για να απομακρύνονται αυτά τα σωματίδια από την κυκλοφορία του νερού πριν προλάβουν να αρχίσουν να αποσυντίθενται και ξαναμπούν στο νερό με άλλη μορφή, αλλά το ίδιο επιβλαβή. Αν ένα μηχανικό φίλτρο μείνει για καιρό ακαθάριστο μετατρέπεται σε ένα βαθμό σε βιολογικό, αλλά σταματά να παίζει τον πολύ σημαντικό του ρόλο σαν μηχανικό.

ΒΙΟΛΟΓΙΚΟ ΦΙΛΤΡΑΡΙΣΜΑ
Ονομάζεται έτσι γιατί ακριβώς είναι η "βιολογία" που φροντίζει για τον καθαρισμό του νερού. Εκατομμύρια μικροοργανισμοί και βακτηρίδια συγκεντρώνονται μέσα στο φίλτρο και τρέφονται από τις ουσίες που βρίσκονται μέσα στο νερό και με αυτό τον τρόπο τις απομακρύνουν από την κυκλοφορία. Μόνο με αυτά τα βακτηρίδια τα οποία φροντίζουν και στην φύση για τον καθαρισμό των νερών, δουλεύει αυτός ο τύπος του φίλτρου. Όλα αυτά τα βακτηρίδια και οι μικροοργανισμοί υπάρχουν μέσα σε όλο το ενυδρείο, πάνω στα τζάμια, τα φυτά τους βράχους κλπ, και από εκεί μεταφέρονται και αποικούν στα υλικά του φίλτρου. Το καφέ, γλοιώδες υλικό που βρίσκουμε μέσα στο φίλτρο όταν το καθαρίζουμε, δεν είναι βρωμιές που έχουν συγκεντρωθεί από το φιλτράρισμα, αλλά μεγάλες συγκεντρώσεις αυτών των βακτηριδίων. Η τροφή τους είναι οι οργανικές ουσίες που βρίσκονται μέσα στο νερό τις οποίες καταναλώνουν και τις μετατρέπουν σε διοξείδιο του άνθρακα και νιτρικά άλατα. Το διοξείδιο του άνθρακα καταναλώνεται από τα φυτά ή φεύγει στην ατμόσφαιρα, και τα νιτρικά άλατα απομακρύνονται με τις αλλαγές νερού που κάνουμε.