Ένα από τα πρώτα πράγματα που απασχολούν έναν ακουαρίστα είναι το φιλτράρισμα του νερού στο ενυδρείο .
Ένας από τους τρόπους για να εξασφαλίσουμε καθαρό νερό είναι το βιολογικό φιλτράρισμα. Για να μπορέσουμε να καταλάβουμε όμως πως λειτουργεί το βιολογικό φιλτράρισμα , θα πρέπει  να κατανοήσουμε πρώτα τον κύκλο του αζώτου μέσα στο ενυδρείο.

Στο κλειστό σύστημα του ενυδρείου τα περιττώματα των ψαριών, το φαγητό που δεν καταναλώθηκε από τα ψάρια , τα νέκρα μέρη των φυτών ή κάποιος νεκρός οργανισμός, όλα αυτά περιέχουν οργανικό άζωτο , το οποίο μετατρέπεται σε αμμωνία (ΝΗ3) ή Αμμώνιο (ΝΗ4) , με την βοήθεια κάποιου  είδους βακτηριδίων. Η αμμωνία έστω και σε μικρές ποσότητες μπορεί να προκαλέσει τον θάνατο των ψαριών .

Υπάρχει όμως ένα άλλο είδος βακτηριδίων, τα Νitrosomonas που τρέφονται με την αμμωνία και την διασπούν σε νιτρώδη άλατα (ΝΟ2) , που και αυτά με την σειρά τους είναι επικίνδυνα  για τα ψάρια. Ένα άλλο είδος βακτηριδίων, τα Nitrobacter,  διασπούν τα νιτρώδη άλατα (ΝΟ2) σε νιτρικά άλατα (ΝΟ3), τα οποία πειράζουν ελάχιστα τα ψάρια, αν δεν είναι σε μεγάλες συγκεντρώσεις μέσα στο νερό, ενώ ένα μέρος τους μπορεί να χρησιμοποιηθεί σαν τροφή από τα φυτά που υπάρχουν στο ενυδρείο.

Εδώ σταματάει ο κύκλος του αζώτου στο ενυδρείο. Επειδή όμως δεν υπάρχει αρκετή άλγη , τόση ώστε να μπορέσει να καταναλώσει τις ενώσεις του αζώτου, (πράγμα που μόνο στην φύση μπορεί να γίνει) παρουσιάζονται μεγάλες συγκεντρώσεις νιτρικών αλάτων (ΝΟ3) και ο μόνος τρόπος για να αντιμετωπίσουμε αυτό το πρόβλημα είναι η μερική αλλαγή νερού κατά τακτά χρονικά διαστήματα, συνήθως κάθε μια ή δυο εβδομάδες.

Με το βιολογικό φιλτράρισμα ο ακουαρίστας αντιγράφει κατά κάποιο τρόπο αυτό που γίνεται στην φύση, δηλαδή δημιουργεί αυτές τις αποικίες βακτηριδίων που χρειάζονται για τον καθαρισμό του νερού, κάτι που όμως δεν είναι και τόσο απλό.

Η καλλιέργεια των βακτηριδίων στο ενυδρείο είναι μια αργή διαδικασία. Στην αρχή, μετά την συγκέντρωση υψηλών τιμών αμμωνίας, θα υπάρξει ανάπτυξη των βακτηριδίων Nitrosomonas τα οποία με την σειρά τους παράγουν μεγάλες ποσότητες από νιτρώδη άλατα (ΝΟ2) για να μπορέσουν  να αναπτυχθούν τα Nitrobacter.

Οι μεγάλες ποσότητες  ΝΟ2 μπορούν να προκαλέσουν τον θάνατο των ψαριών. Αυτό παρατηρείται κατά τους πρώτους μήνες λειτουργίας ενός ενυδρείου. Γι’ αυτό θα ήταν συνετό τους πρώτους μήνες να βάζουμε στο ενυδρείο ένα μικρό αριθμό ψαριών για να αποφύγουμε δυσάρεστα αποτελέσματα.

Μια αρχική καλλιέργεια βακτηριδίων για να έρθει σε ισορροπία χρειάζεται ένα διάστημα 2 μηνών κάτω από σταθερές συνθήκες θερμοκρασίας και του δείκτη ΡΗ. Αυτά τα βακτηρίδια για να μπορέσουν να δράσουν θα πρέπει να είναι προσκολλημένα στα υλικά του φίλτρου, και στο υπόστρωμα, στην περίπτωση που χρησιμοποιούμε φίλτρο βυθού. Περνώντας το νερό μέσα από το φίλτρο, το <φαγητό > φτάνει στα βακτηρίδια, αν όμως για κάποιο λόγο σταματήσει η ροή του νερού μέσα από το φίλτρο τότε τα βακτηρίδια θα πεθάνουν από έλλειψη τροφής.

Η χρήση διάφορων αντιβιοτικών ευρέως φάσματος, μπορεί να σκοτώσει μαζί με τα βλαβερά και νοσογόνα βακτηρίδια, και τα βακτηρίδια που χρειαζόμαστε για τον καθαρισμό του νερού.

Τα Nitrosomonas και τα Nitrobacter είναι αερόβια βακτηρίδια, δηλαδή χρειάζονται οξυγόνο για να ζήσουν.

Τέλος  για να μπορέσουμε να στηριχθούμε αποκλειστικά στο βιολογικό φιλτράρισμα θα πρέπει να δώσουμε μεγάλη προσοχή στον αριθμό των ψαριών του ενυδρείου, να αποφεύγουμε το υπερβολικό τάισμα των ψαριών, την συγκέντρωση πεθαμένων οργανισμών και όταν θα πρέπει να επιλέξουμε ένα στοιχείο για το φίλτρο πρέπει να φροντίσουμε να έχει μεγάλο εμβαδόν επιφάνειας και να είναι αρκετά πορώδες.

Έτσι θα μπορέσουμε να έχουμε ένα υγιές ενυδρείο, στο οποίο τα φυτά μας θα αναπτύσσονται κανονικά και τα ψάρια μας θα πεθαίνουν μόνο από βαθιά  γεράματα.