Μετά από ένα χρονικό διάστημα, που μπορεί να κυμαίνεται από ένα χρόνο μέχρι και 4-5 χρόνια, το γλαστράκι του φυτού γεμίζει από τις ρίζες που αναπτύσσονται ταυτόχρονα με το υπέργειο τμήμα του.

Ένα δείγμα ότι η ρίζα έχει μεγαλώσει πολύ, είναι το γεγονός ότι το χώμα ανασηκώνεται και φτάνει στο σημείο να βρίσκεται πιο πάνω από το χείλος της γλάστρας. Σε μια τέτοια περίπτωση επιβάλλεται το κόψιμο της ρίζας.
  Το κόψιμο της ρίζας είναι μια εργασία που παίζει σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη των μπονσάι. Από την μια μεριά κόβουμε τις μακριές ρίζες για να βοηθήσουμε το φυτό να δημιουργήσει πολλά τριχίδια που είναι υπεύθυνα για την τροφοδοσία του με νερό και ιχνοστοιχεία, και από την άλλη, το πυκνό σύστημα ριζών ευνοεί την πυκνή διακλάδωση στο φύλλωμά του, αφού το υπέργειο μέρος των φυτών είναι ο καθρέπτης του ριζικού συστήματος του. Αυτή η εργασία μπορεί να συνδυαστεί με την αλλαγή της γλάστρας αν αυτό χρειάζεται κατά την μεταφύτευση.
Η διαδικασία είναι απλή: Βγάζουμε το φυτό από την γλάστρα με προσοχή και με ένα ξύλο "χτενίζουμε" τις ρίζες για να κρεμαστούν προς τα κάτω και να ξεμπλεχτούν. Με ένα κατάλληλο κοφτερό ψαλίδι κόβουμε τις μακριές ρίζες περίπου στο 1/3 του μήκους τους αφαιρώντας ταυτόχρονα και ένα μέρος του χώματος το οποίο θα αντικαταστήσουμε με φρέσκο. Τις χοντρές ρίζες τις κόβουμε έτσι ώστε το σημείο τομής να βλέπει προς τα κάτω, και καλό θα ήταν να τις αλείφουμε με ένα ειδικό κερί για να τις προστατεύουμε από τυχόν σάπισμα. Μετά τοποθετούμε το φυτό πάλι στην ίδια ή σε λίγο μεγαλύτερη γλάστρα. Αυτή η εργασία πρέπει να γίνεται στο τέλος του χειμώνα, πριν αρχίσουν να κυκλοφορούν οι χυμοί.