Ένα νεαρό μπονσάι χρειάζεται μεταφύτευση σε νέα γλάστρα - μεγαλύτερη κατά 1-2 cm - κάθε δύο χρόνια. Ένα μεγαλύτερο σε ηλικία φυτό χρειάζεται μεταφύτευση όταν το χώμα είναι πια εξαντλημένο ή όταν οι ρίζες έχουν μεγαλώσει τόσο που δεν χωρούν άλλο στην γλάστρα. Σε αυτή την περίπτωση μπορούμε βέβαια να φυτέψουμε το φυτό στην ίδια γλάστρα αφού κόψουμε ένα μέρος της ρίζας του. Το πόσο συχνά χρειάζεται να αλλάζουμε χώμα και να κάνουμε μεταφύτευση εξαρτάται από το είδος, την ηλικία και την κατάσταση του φυτού. Μπονσάι ταχείας ανάπτυξης χρειάζονται μεταφύτευση κάθε 2 χρόνια, κωνοφόρα κάθε 2-5 χρόνια.
    Ένα μπονσάι μένει συχνά για χρόνια στην ίδια γλάστρα και γι αυτό είναι πολύ σημαντική η σύνθεση του χώματος που χρησιμοποιούμε. 
    Πριν καταπιαστούμε με την διαδικασία μεταφύτευσης, αφήνουμε το χώμα να στεγνώσει λίγο, ώστε να απομακρύνεται από τις ρίζες πιο εύκολα. Ανασηκώνουμε το φυτό προσεκτικά από την γλάστρα και με ένα ξύλο απομακρύνουμε το μισό περίπου χώμα από τις ρίζες προσπαθώντας να μην κάνουμε ζημιά στα ευαίσθητα ριζικά τριχίδια. Κόβουμε τις πολύ χοντρές και ξερές ρίζες και απομακρύνουμε περίπου το 1/3 από το ριζικό σύστημα. 
Στην τρύπα της γλάστρας τοποθετούμε ένα πλαστικό κομμάτι δίχτυ για να μην φεύγει το χώμα. Όταν πρόκειται για μεγάλο μπονσάι περνάμε από την τρύπα ένα κομμάτι σύρμα για να το δέσουμε μετά την μεταφύτευση ώστε να το εξασφαλίσουμε  από τον αέρα. Αυτό το σύρμα μπορεί μετά από μισό χρόνο να απομακρυνθεί αφού θα έχουν αναπτυχθεί ρίζες. Στον πάτο της γλάστρας βάζουμε ένα λεπτό στρώμα χαλίκι ή χοντρή άμμο και από πάνω βάζουμε ένα στρώμα από το χώμα που έχουμε προετοιμάσει. Αυτό το χώμα πρέπει να είναι σχεδόν στεγνό για να καλύψει τα κενά ανάμεσα στις ρίζες του φυτού.
     Τοποθετούμε το μπονσάι μέσα στην γλάστρα. Απλώνουμε τις ρίζες προς όλες τις κατευθύνσεις και δένουμε το φυτό με το σύρμα που έχουμε προετοιμάσει. Όταν προσθέτουμε χώμα, το πιέζουμε αρκετά ιδιαίτερα στις άκρες τις γλάστρας. Αφού τελειώσουμε ποτίζουμε πολύ καλά το φυτό. Μετά την μεταφύτευση και για δύο έως τρεις εβδομάδες τοποθετούμε το μπονσάι σε ένα σκιερό και προφυλαγμένο μέρος.